Sarayönü'nde zamanımızdan 4000 yıl önce Hititlerin bulunduğu bilinmektedir.Daha sonraları Frigya'lıların, Romalıların ve Bizanslıların eline geçti. Selçuklular ve Osmanlılar zamanında tamamıyla Türk yurdu oldu. Şehrin kuruluşu hakkındaki tarihi bilgilere şehrin güney doğusunda SAİTELİ ile güneyinde Ladik dağları eteğinde BOZOK ili (ÖZİÇİ) adı ile bilinen iki kasaba halkı Haçlı seferleri sırasında oturdukları yerler Haçlı ordusunun geçiş yolu üzerinde oldukları için, bu ordunun yağmasından kurtulmak istediler, bu sebeple inlerin bugünkü bulunduğu yukarı denilen yere göç ettiler. Çünkü inlerde emniyet ve saklanabilme imkanları mevcuttu. Böylece haçlı ordusunun yağmasından kurtulacaklardı, işte bu yüzden kasabalardan göç edenler Sarayönü' nün kuruluşunda öncü olmuşlardır.

        TOLOBASI adı ile bilinen bu inlerin o zamanlar hem sığınak hem de mesken olarak kullanıldığı tahmin edilmektedir. Şehrin ismi de bu inlere bağlanır, büyüklüğü, konforu ve kullanışlı olması bakımından saraya benzetilen bu inlerden dolayı buraya SARAYİNİ denilmiştir. Bu zamanla SARAYÖNÜ olarak kullanılır olmuştur. Bir rivayete göre ilçenin ismi inlerin yanında bulunan saraya bağlanır. İlçenin toprakları ve yerleşme merkezi bu sarayın önünde olduğu için buraya SARAYÖNÜ denilmiştir. Yukarıdaki bu iki görüşte şehrin ismi hakkında akla yakın bilgi verir.

        İlçenin ilk ahalisi kervancılık yapmak suretiyle geçimlerini temin ediyorlardı. Cihanbeyli yaylası üzerinden geçilerek Tuz gölü havzasından alınan tuz kıra ile İzmir' e uzanan yol boyunca taşınırdı.

        İlçe önceleri Pir Hüseyin Camii çevresinde gelişmiştir. Bugünkü şehir merkezine kayması ise 1896 yılında demir yolunun geçmesi ile sağlanmıştır